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中國科學家:新冠病毒已演化出兩個亞型,毒力區別大;巴西科學家已找到突變證據

每日經濟新聞 2020-03-04 20:27:32

每經編輯 孫志成    

新冠病毒是否已經發生突變?如何突變?這是目前學界研究的焦點之一。

3月3日,中國科學院主辦的《國家科學評論》(National Science Review)發表題為《關于SARS-CoV-2的起源和持續進化》的論文,通過對迄今最大規模的新冠病毒全基因組分子進化分析,揭示了新冠病毒已經演化出L和S兩個亞型。其中S型是相對更古老的版本,而L亞型更具侵略性傳染力更強。對不同亞型的深入了解,將有助于新冠肺炎的差異化的治療和防控。

研究發現新冠病毒演化出兩個亞型

中國科研團隊最新發現顯示:新冠病毒已于近期產生了149個突變點,并演化出了兩個亞型,分別是L亞型和S亞型。研究發現,在地域分布及人群中的比例,這兩個亞型表現出了很大測差異。

以上研究來自中國科學院主辦的《國家科學評論》(National ScienceReview)于3月3日發表的論文《關于SARS-CoV-2的起源和持續進化》(On the origin andcontinuing evolution of SARS-CoV-2)。

論文通訊作者為陸劍研究員(北京大學生命科學學院生物信息中心)、崔杰研究員(中國科學院上海巴斯德研究所)。

在這103個病毒株中,有101個屬于兩個亞型之一。具體而言,兩個亞型的區別在于病毒RNA基因組的第28144位點,L型是T堿基(對應亮氨酸,Leu),S型是C堿基(對應絲氨酸,Ser)。通過與其他冠狀病毒比較,作者發現S型新冠病毒與蝙蝠來源的冠狀病毒在進化樹上更接近,從而得出S型相對更古老的結論。

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兩種新冠病毒亞型在時間和空間分布上存在差異(圖片來源:論文截圖)

但研究人員意外發現,相對古老的S型新冠病毒并沒有因為在人群中傳播的時間更長,而感染更多的人。基因組數據表明,感染S型的比例占30%,反倒是相對年輕的L型新冠病毒的感染比例占70%,而且每個L型病毒株比S型攜帶了相對更多的新生突變。

基于上述反常現象,作者推測:“L型病毒傳播能力更強,或者在人體內復制更快,因此可能意味著其毒力也更大。”

作者還專門比較了1月7日前后S型和L型所占比例的變化,他們發現L型在病毒株中的比例下降,S型比例上升。作者由此推測:“這可能是因為L型病毒的患者更容易表現出癥狀,因而更容易受到人工干預,從而使L型新冠病毒受到的負選擇壓力更大,感染的人數由此變少。”

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 103個新冠病毒毒株的進化樹(圖片來源:論文截圖)

L亞型在武漢爆發的早期階段更為普遍,而L亞型的發生頻率在2020年1月初后有所下降。作者認為,人為干預可能對L亞型施加了更大的選擇性壓力,如果沒有這些干預,L亞型可能更具侵略性和擴散得更快速。另一方面,由于選擇壓力相對較弱,在進化上較老且攻擊性較小的S型可能在相對頻率上有所增加。這些發現意味著,目前迫切需要結合基因組數據、流行病學數據和2019年冠狀病毒病患者臨床癥狀圖表記錄,進行進一步的全面研究。

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103個新冠病毒毒株的衍生突變頻譜分析,橘黃色為非同義突變、綠色為同義突變

(圖片來源:論文截圖)

另外,值得注意的是,這103個樣本顯示,大部分患者只感染了L亞型或S亞型中的一個。但其中一位近期有過武漢旅行史的美國患者分離出的病毒株,這兩個位點卻均呈現了C和T的混合現象,也就是說,很有可能這位患者同時感染了L型和S型新冠病毒。不過,作者表示目前還無法排除新突變型的可能性。

巴西患者病毒基因有3處突變

巴西在2月26日出現首例確診病例。當地科學家與英國科學家合作,緊急針對該名61歲的巴西患者進行“冠狀病毒基因定序”,結果發現這名患者體內的新冠病毒同武漢公布的病毒基因相比存在3處不同,表示病毒在傳播過程中已經發生突變。

據南方都市報,3月1日,一份發表在病毒學國際交流平臺(Virological),題為《First report of COVID-19 in South America》(南美洲首例新型冠狀病毒報告)引發關注,這是南美洲首次分析出新冠病毒的基因序列,由巴西Adolfo Lutz國家研究所、國家參考實驗室,以及圣保羅大學(USP)、牛津大學熱帶醫學研究所共同完成。

據報告介紹,該名巴西首例確診新冠肺炎患者為61歲男性,來自圣保羅市。他于2020年2月9-21日,曾前往意大利北部的倫巴第旅游。在返回巴西后,他出現發燒和呼吸道癥狀,包括干咳、喉嚨痛、流鼻涕等。2月25日,他在圣保羅阿爾伯特·愛因斯坦醫院進行了新冠肺炎的診斷篩查,26日確診為新冠肺炎患者。

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研究人員從該名患者的鼻咽中提取病毒基因,進行“冠狀病毒基因定序”,原本需要花15天的工程,在48小時內完成。

報告指出,初步的遺傳分析表明,這株巴西“Brazil/SPBR1/2020”病毒的基因組,跟中國此前公布的 “Hu-1參考菌株”有3處不同,表示病毒在傳播的過程中已經開始突變。而這些突變中,有兩處跟德國慕尼黑群聚傳染事件中提取的病毒“德國/ BavPat1/2020菌株”非常接近。這個結果表示,在歐洲傳播的新冠病毒已經跟原本在中國傳播的病毒有所不同。

據看看新聞,研究團隊表示,目前意大利只公布了一個病毒基因組序列,來自一位東亞地區的女游客,屬于 “境外輸入病毒 ”。但隨著確診病例越來越多,有必要針對意大利本土病例重新進行病毒分析。“意大利北部的倫巴第地區,正好是出現第一例意大利本土病例的地方,所以我們分析的病毒基因或許可以代表新的發現,包括病毒的變異。”

研究團隊將這份資料公開,希望各國能共享研究成果,避免病毒在大家不清楚其已變異的情況下傳播,引發更多不確定的突變。

每日經濟新聞綜合 看看新聞、南方都市報、第一財經、北京晚報等

封面圖片來源:攝圖網

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